301 թվականին քրիստոնեությունը Հայաստանում պետական կրոն հռչակեց Սուրբ Գրիգոր Լուսավորչի կողմից։ Այսպիսով, Հայաստանը դարձավ աշխարհում առաջին երկիրը, որտեղ քրիստոնեությունը դարձավ պետական կրոն։ Սակայն բազմաթիվ հայերեն և օտարալեզու աղբյուրներ հայտնում են Հայաստանում քրիստոնեության տարածման և խոր արմատների մասին դեռևս 301 թվականից առաջ։

Գրիգոր Լուսավորիչ (աղքատ. Գրիգոր Լուսավորիչ) դարձել է առաջին կաթողիկոսը, այսինքն՝ հայ եկեղեցու առաջին առաջնորդը՝ քրիստոնեությունը պետական կրոն ընդունելուց հետո։ Ասում են՝ տեսլական կանխազգացումով նրան Քրիստոսն է հանձնարարել կառուցել Վաղարշապատում հայոց մայր եկեղեցին, այսօր՝ Ս. Էջմիածինը։ «Էջմիածին» նշանակում է «Աստծո Որդին իջել է»։ Երևանից մոտ քսան կիլոմետր հեռավորության վրա գտնվող Էջմիածինը մինչ օրս եղել է Հայ եկեղեցու կենտրոնը։

Սակայն թագավորի կողմից Հայաստանում քրիստոնեությունը պետական կրոն հռչակելը չի նշանակում, որ առաքյալների նահատակությունից հետո քրիստոնեությունը կվերանա Հայաստանից։ Առաքյալների միսիոներական աշխատանքը հաջորդ երկու դարերում շարունակվեց այլ քարոզիչների կողմից, որոնց մեծ մասը ստիպված էր վճարել իրենց կյանքով:

Անկասկած, Աստվածաշնչի հայերեն թարգմանությունը վճռորոշ գործնական քայլն էր Հայաստանը քրիստոնեություն ընդունելու գործընթացում։ Այս քայլի նախադրյալը ստեղծվել է միայն 406 թվականին՝ սուրբ Մեսրոպ Մաշտոցի կողմից հայոց գրերի մշակմամբ։ Հաջորդող լայնածավալ թարգմանչական շարժումը՝ Սուրբ Սահակ Բարթև կաթողիկոսի և Վռամշապուհ թագավորի ակտիվ աջակցությամբ, ստեղծեց հայ ազգային գրականություն, որը չսահմանափակվեց եկեղեցու հայրերի կարևորագույն գործերով։ Հայաստանում մշակութային և հոգևոր վերելքների այս շրջանը հայոց պատմության մեջ հիշատակվում է որպես «Ոսկե դար»։

Սակայն 5-րդ դարը նույնպես ճակատագրական դար էր։ Հայերը պետք է ապացուցեին իրենց քրիստոնեական հավատքի խորությունը։ Սա առաջին անգամը չէր և, ինչպես ցույց է տալիս պատմությունը, վերջինը չի լինելու։ Թշնամին Սասանյան արքա Յազկերտ II-ն էր (438-457), ով իր քաղաքական նկրտումներից բացի ցանկանում էր Հայաստանը դարձնել մազդայական։ 451-ին Ավարայրի կռվի դաշտում զորավար (հայերեն՝ Սպարապետ) Վարդան Մամիկոնյանը (370-451) հրամայել է հայկական բանակը պարսից թագավորի (պարսկերեն՝ Շահ) գերազանցապես գերազանցող բանակի դեմ։ Գեներալն ու նրա բանակի մեծ մասը ստիպված եղան իրենց կյանքը տալ հանուն հավատքի ու հայրենիքի։ Հայ եկեղեցին ամեն տարի նշում է այս իրադարձությունը Սուրբ Վարդանանք կոչվող մեծ տոնակատարությամբ։

Հայերի համար այս իրադարձության կարևորությունն առաջին հերթին կայանում է ոչ թե նրա քաղաքական կամ ռազմական նշանակության, այլ ավելի շուտ Հայաստանը մազդայական դարձնելու Յազգերտ II թագավորի ծրագրի ձախողման մեջ: Ի պատասխան պարսից թագավորին, որը ցանկանում էր ստիպել նրանց հրաժարվել իրենց քրիստոնեական հավատքից, նրանք գրեցին. «Ոչ ոք չի կարող մեզ հետ պահել այս հավատքից, ոչ հրեշտակները, ոչ մարդիկ, ոչ սուրը, ոչ կրակը, ոչ ջուրը, ոչ էլ որևէ դաժան խոշտանգում»: Վարդան Մամիկոնյանը մարտից առաջ իր վերջին խոսքում ընկերներին ասաց. «Թշնամին ենթադրում էր, որ մենք քրիստոնեությունը միայն որպես խալաթ ենք կրում. հիմա նա հասկանում է, որ չի կարող փոխել մեր մաշկի գույնը»: Այսպիսով, պարզ է, որ քրիստոնեական հավատքն արդեն 5-րդ դարում դարձել էր հայկական հասարակական կառույցների անբաժանելի մասը։

Հայ առաքելական եկեղեցին ինքնավար է (ինքնավար) և պատկանում է այսպես կոչված Արևելյան Ուղղափառ Եկեղեցիների ընտանիքին։ Եկեղեցիների այս ընտանիքը ներառում է Ղպտի, Եթովպական, Էրիթրեական և Ասորի ուղղափառ եկեղեցիները, ինչպես նաև հնդկա-մալաբար եկեղեցիները։ Հայ եկեղեցին Եկեղեցիների համաշխարհային խորհրդի անդամ է 1962 թվականից։ Այն ընկերություն ունի վերոհիշյալ Արևելյան Ուղղափառ Եկեղեցիների հետ։

Եկեղեցու գլխին Ծայրագույն Պատրիարք և Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսն է՝ իր պաշտոնական նստավայրը՝ Էջմիածնում։ Ավելի վաղ Էջմիածնի այսօրվա Մայր տաճարի տեղում հեթանոսական տաճար է եղել, որը կարեւոր դեր է ունեցել մինչ երկրում քրիստոնեության մուտքը։ Երբ 4-րդ դարի սկզբին սուրբ Գրիգորը քանդեց Սանդարամենտ պաշտամունքի հայտնի հեթանոսական տաճարը և դրա ավերակների վրա կառուցեց եկեղեցի, քաղաքը վերանվանվեց Էջմիածին և դարձրեց կաթողիկոսի աթոռանիստ։ Գրիգոր Լուսավորիչը եղել է երկրի առաջին կաթողիկոսը։ Էջմիածնում եկեղեցու շինարարությունը սկսվել է դեռ 301 թվականին՝ Սուրբ Գրիգորի հսկողությամբ, իսկ եկեղեցին ավարտվել է 303 թվականին։

Պատմական պատճառներով, բացի Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսից, Հայ եկեղեցում առաջացել են տեղական կղերական աթոռներ, որոնք լիովին անկախ էին իրենց տնօրինության մեջ և որոնց գլուխները կոչվում են նաև կաթողիկոսներ։ Ներկայումս Լիբանանում կա այդպիսի մեկ կաթողիկոս։ Այն Տանն Կիլիկիո կաթողիկոսությունն է, որի պաշտոնական նստավայրը Բեյրութի Անթիլիաս թաղամասն է։ Նրա առաջնորդն է Արամ Ա կաթողիկոսը, և գտնվում է Մերձավոր Արևելքի Բեյրութի, Հալեպի, Դամասկոսի և Նիկոսիայի եպիսկոպոսությունների իրավասության ներքո։

Բացի վերը նշված կաթոլիկներից, Հայ Եկեղեցու չորս հիերարխիկ աթոռները ներառում են նաև Երուսաղեմի հայոց պատրիարքությունը 1311 թվականից և Կոստանդնուպոլսի հայոց պատրիարքությունը 1461 թվականից։

Կաթողիկոսի նախագահությամբ Ազգային Եկեղեցական Ժողովը Եկեղեցու բարձրագույն օրենսդիր մարմինն է։ Աշխարհասփյուռ հայոց թեմերի աշխարհիկ (մոտ 70 %) և հոգևոր (մոտ 30 %) պատվիրակները կազմում են այս մարմինը։ Յուրաքանչյուր թեմ տրամադրում է առնվազն մեկ պատվիրակ:

Գերագույն հոգեւոր խորհուրդը (Սինոդ) Եկեղեցու գործադիր մարմինն է։ Բացի կաթողիկոսից, որը նախագահում է խորհուրդը, խորհուրդը բաղկացած է 16 անդամներից, որոնց կեսը համապատասխանաբար թեմական եպիսկոպոսներ են, կեսը՝ արքեպիսկոպոսներ։ Եկեղեցու բոլոր եպիսկոպոսներն ու արքեպիսկոպոսները միասին կազմում են եպիսկոպոսների համագումարը, որը կաթողիկոսի նախագահությամբ զբաղվում է եկեղեցու աստվածաբանական և կանոնական հարցերով։